DNA Sequencing
วันที่: 2017-02-06 10:36:02.0
DNA Sequencing Services
- Incoming sample QC
- Fluorescent dye-terminator sequencing
- ABI 3730xl DNA sequencers
- >650bp Q20 read lengths typical
- NGS Sequencing now available
- Template preparation and primer synthesis available
ไพร์เมอร์(Primer)
- มีบริการสำหรับ Universal Primer โดยไม่มีค่าใช้จ่ายเพิ่มเติม สาหรับ Specific Primer ต้องส่ง Primer มาพร้อมกับตัวอย่างหรือสามารถเลือกใช้บริการสั่งสังเคราะห์ Primer กับทางบริษัท
- Specific Primer ต้องมีความเข้มข้น 10 pmole/μl หรือมากกว่า ในปริมาณ 10 μlถ้าใช้ PrimerเดียวกันทำSequencing Reaction มากกว่า 1 ตัวอย่าง ต้องส่ง Primer เพิ่มที่ความเข้มข้น10 pmole/μlในปริมาณ 2 μl ต่อ 1 Reaction
- ในกรณีต้องการให้ส่ง Primer ที่สั่งสังเคราะห์กลับ มีค่าใช้จ่ายในการสั่งกลับ
- ความยาวของ Primer ควรยาวกว่า 15 base แต่ไม่เกิน 50 base
**** ห้ามใช้ Random Primer เป็น Primer สำหรับทำ SequencingและSequencing ควรระบุ annealing temperature
Universal Primer
| Universal Primer |
Name Sequence |
| 27F |
AGAGTTTGATCMTGGCTCAG |
| 1492r |
GGTTACCTTGTTACGACTT |
| 8f |
AGAGTTTGATCCTGGCTCAG |
| 1541r |
AAGGAGGTGATCCAGCC |
| ITS1
|
TCCGTAGGTGAACCTGCGG |
| ITS5 |
GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS4 |
TCCTCCGCTTATTGATATGC |
| -96III |
CCCTCATAGTTAGCGTAACG |
| 5'AD |
AATACCACTACAATGGATGATG |
| 3'AD |
GAGATGGTGCACGATGCACAGT |
| 5'BD |
GTGCGACATCATCATCGGAAG |
| 3'BD |
TAAGAGTCACTTTAAAATTTGTATC |
| 5'AOX |
CTGGTTCCAATTGACAAGC |
| 3'AOX |
TGGCATTCTGACATCCTC |
| a-factor |
TACTATTGCCAGCATTGCTGC |
| BGH |
CAGGGTCAAGGAAGGCAC |
| CMV-F |
CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG |
| CMV-R |
TCGTTGGGCGGTCAGC |
| CMV-24 |
TATTAGGACAAGGCTGGTGGGCAC |
| CMV-30 |
AATGTCGTAATAACCCCGCCCCGTTGACGC |
| M13(-47) |
AGGGTTTTCCCAGTCACG |
| M13(-48) |
GAGCGGATAACAATTTCACAC |
| M13F(-20) |
GTTGTAAAACGACGGCCAG |
| Universal Primer |
Name Sequence |
| M13R(-26) |
CAGGAAACAGCTATGAC |
| M13-40 |
GTCGTGGACTGGGAAAAC |
| M13-D |
AGGGTTTTCCCAGTCACG |
| RV-M |
GAGCGGATAACAATTTCACAC |
| PBV220+ |
GGGCAGCATTCAAAGCAG |
| PBV220- |
TTATCAGACCGCTTCTGC |
| pCMV5-F |
TCTAAAAGCTGCGGAATTGT |
| pCMV5-R |
TCCAAACTCATCAATGTATC |
| pEGFP-N5' |
CGGTGGGAGGTCTATATAAG |
| pEGFP-N3' |
GTCGCCGTCCAGCTCGACCAG
|
| pEGEP-C5 |
CATGGTCCTGCTGGAGTTCGT |
| pEGEP-C3' |
TATGTTTCAGGTTCAGGG |
| pGEX5' |
GCAAGCCACGTTTGGTG |
| pGEX3 |
GAGCTGCATGTGTCAGAGG |
| pGL3+ |
TAGCAAAATAGGCTGTCCC |
| pGL3- |
CTTTATGTTTTTGGCGTCTTC |
| pQE30+ |
GTGAGCGGATAACAATTTCAC |
| pQE30- |
CTGAACAAATCCAGATGGAG |
| PT5 |
TCCGAGATCTGGACGAGC |
| SP6 |
ATTTAGGTGACACTATAGAA |
| S-TAG |
CGAACGCCAGCACATGGACA |
| T7 |
TAATACGACTCACTATAGG |
| T3 |
ATTAACCCTCACTAAAGG |
| T7-TER |
GCTAGTTATTGCTCAGCGG |
การเตรียมตัวอย่าง(Sample Preparation)
- Unpurified PCR Products : เตรียมความเข้มข้นของตัวอย่าง 30 ng/μl ในปริมาณที่มากกว่า 50μl
- Purified PCR Products : ใช้ชุดน้ายา PCR product purification Kit ในการ purified PCR Products และตรวจสอบความบริสุทธิ์ด้วยการรัน Agarosegel และส่ง Single DNA bandที่ต้องการใน Deionized distilling water ความเข้มข้นของตัวอย่าง 30 ng/μl ในปริมาณ 15 μl
- Purified Plasmid DNA : ใช้ชุดน้ายา Plasmid DNA purification Kit และเก็บตัวอย่างที่ต้องการใน Deionized distilling water ความเข้มข้นของตัวอย่าง 100-200 ng/μl ในปริมาณ30-50 μl (ไม่ควรใช้ TE buffer ในการละลาย)
ขั้นตอนการทำ Sequencing เมื่อได้รับตัวอย่าง
- ตัวอย่างที่ได้รับจะนำไปรัน Gel electrophoresis ก่อนเพื่อตรวจสอบ หากตัวอย่างไม่ผ่าน QC ทางBiobasicInc. จะปฏิเสธตัวอย่างและไม่เสียค่าใช้จ่าย (กรณีที่ต้องการตัวอย่างคืน ลูกค้าต้องเป็นผู้รับผิดชอบค่าใช้จ่ายในการขนส่งและค่าพิธีการทางศุลกากรเอง)
- ตัวอย่างที่ผ่าน QC จะส่งไปยังเครื่อง Automated ตามกระบวนการ Sequencing service และ Automated Sequencer ABI Prism 3730 XL ซึ่งอ่านค่าได้มากกว่า 650 bp(ในกรณีที่อ่านผล sequence ไม่ได้ในครั้งแรกทาง BiobasicInc.จะปรับ condition และทำให้ใหม่อีกครั้ง)
- ผลของ Sequencing จะส่งเป็น Chromatogram file และ Word file ทาง E-mail
หลังจากส่งผล Sequencing เรียบร้อยแล้วทาง BioBasic Inc.
จะถือเป็นการจบการบริการ และไม่ทำ Resequence อีก
ขั้นตอนการรับ-ส่งตัวอย่าง
| นัดรับสินค้า |
- แจ้งวันและเวลาที่สะดวกเพื่อนัดเจ้าหน้าที่เข้าไปรับตัวอย่าง |
| - กรอกแบบฟอร์ม Sequencing service ส่งพร้อมกับตัวอย่าง |
| ส่งตัวอย่างทางไปรษณีย์ |
บริษัท แปซิฟิคไซเอ็นซ์ จำกัด
62,64 ซอยจรัญสนิทวงศ์ 49/1
แขวงบางบำหรุ เขตบางพลัด กรุงเทพฯ 10700 |